Nella terza stagione troviamo Saverio (Francesco Montanari) nel mirino di Vito Vitale (Paolo Ricca), ultimo dei corleonesi, che ha giurato di ucciderlo. Pietro Aglieri (Gaetano Bruno) e Bernardo Provenzano (Marcello Mazzarella), intanto, intessano la loro trama, fatta di relazioni con politica ed istituzioni.

Barone capisce che, se vuole catturare Provenzano, non deve dare nell’occhio, ma fingere di essere un Pm ridimensionato e senza ambizioni, in modo nascondersi da quelle forze occulte dello Stato che fino ad ora gli hanno impedito di catturarlo.

Non solo: in questa stagione, il protagonista si rende conto che non può più lavorare come una scheggia impazzita, in solitaria, ma che deve accettare il lavoro di squadra. Viene così affiancato dalla giovane Paola Romano (Linda Caridi), ambiziosa ma con metodi totalmente differenti dai suoi. Saverio deve accettare tutto questo, soprattutto per il bene di sua figlia Carlotta, che sta crescendo insieme a Giada (Miriam Dalmazio) e che vuole rivedere al più presto.